2020년에는 경제사업 디지털전환 (DT) 대응하고 농축산물 판매 기능 강화
사업구조개편을 담은 농협법 개정 시 농협경제지주는 우선 기존의 농업경제와 축산경제 자회사 13개를 중심으로 설립하고 경제사업 활성화 계획에 따라 중앙회 경제사업을 단계적으로 이관해 확충해나가기로 결정한 바 있다. 농협은 중앙회와 경제지주 간 전략일체화 및 협력체계를 강화하고 지주회사 사업의 조기 안정화와 조직 간 사업시너지를 제고하되 출범 초기에는 중앙회와의 업무협력 등을 감안해 최소규모로 운영한다는 목표하에 농협경제지주의 조직을 구성했다.
이에 따라 경제지주는 농업경제 자회사와 축산경제 자회사를 각각 관리하는 계열사지원1부와 계열사지원2부 등 2개 부서를 1개 본부가 통할하는 형태로 조직을 구성했다. 경제지주의 대표는 중앙회의 농업경제대표이사와 축산경제대표이사 공동으로 했으며 2명의 공동대표와 4명의 비상근이사 등 6명의 사내이사를 두고, 그외에 감사 1명과 집행간부급 본부장 1명을 두었다. 농협경제지주회사의 총정원은 24명으로 산정했다.
2016년 이후에는 사업구조개편과 경제사업 활성화 계획에 따라 중앙회 사업을 차질 없이 수관하고 효율성 및 전문성 강화를 위한 조직체계 구축에 초점을 맞춘 조직개편이 이뤄졌다. 2016년에는 하나로유통으로부터 농협a마켓 온라인사업을, 중앙회로부터 식품부문 일부를 수관했으며, 농협목우촌 한육우사업소를 수관해 관련사업을 통합 운영했다. 2017년 하반기에는 농업경제부문에 농협식품(주)을 설립하고 축산경제부문에서는 축산컨설팅국을 축산방역부로 확대 개편했다.
2018년에는 농가소득 증대를 위한 경제사업 기반 재구축을 위해 회원경제지원본부와 품목연합부를 설치해 산지 경쟁력 강화를 도모하고 청과사업국을 (주)하나로유통으로 이관했다. 사업지원본부를 자재 • 에너지본부로 안심축산사업부를 안심축산분사로 각각 개편했다.
2019년에는 농가소득 증대를 위한 농축산물 유통 활성화와 미래 성장동력 확충을 위한 조직운영 개선에 중점을 두고 조직을 개편했다. 이에 따라 원예사업부에 푸드플랜국을 설치하고 대외마케팅부를 신설했다. 축산경제부문에서는 축산유통부 내 특산물마케팅팀 • 온라인사업팀을 축산지원부에 한우국을 각각 설치하고 식품연구원의 식품 안전관리 총괄 기능을 식품사업부로 이관했다. 축산방역부를 친환경방역부로 개편하고 농산물판매부 내 공판사업단을 공판사업분사로 개편했다.
2020년에는 경제사업 디지털전환(DT)에 대응하고 농축산물 판매 기능을 강화하는 방향으로 조직을 개편했다. 이를 위해 농업경제부문 경제기획부에 디지털혁신단을 신설하고, 축산경제부문의 경우 축산지원부로 디지털 • IT 업무를 일원화했다. 안심축산분사 내 안심축산사업단과 인천가공사업소를 통합해 축산물유통사업소를 신설했다. NH농협금융지주는 출범 초기에는 조직 및 인원을 최소화해 운영하면서 점진적으로 조직을 확대해나가며, 금융그룹의 전사적 조직 일체성을 강화하고 사업시너지를 제고한다는 방향을 설정하고 조직을 설계했다. 금융지주의 조직구조는 기획조정본부 • 재무관리본부 • 리스크관리본부 • 경영지원본부 등 4개 본부를 설치하고 8개부를 소관 본부 산하에 편제하고, 준법지원부를 별도로 설치했다.
이에 금융지주는 총 4본부 9부로 편제됐다. 금융지주는 대표이사 1명, 비상근이사 3명 등 사내이사 4명과 전문가로 구성된 5명의 사외이사를 포함해 총 9명으로 이사회를 구성했으며 그 외 임원으로 5명의 본부장과 1명의 준법감시인을 두었다. 이사회 내에는 6개의 위원회를 구성했다.
2016년에는 집행간부 등기이사제도를 도입하고 기획조정부 내부조직으로 글로벌전략국을 두어 자회사의 해외사업 조정과 지원 역할을 수행토록 하고 CIB활성화협의회를 설치했다. 투자전략단은 자산운용전략부로 변경했다. 금융연구소에 산업분석팀을 신설해 선제적 위험관리를 강화했다. 2018년에는 디지털 금융 환경에 최적화된 조직체계 구축을 위해 디지털금융부문을 설치하고 그 안에 디지털전략부를 신설해 금융계열사 디지털 금융 종합전략을 수립하도록 했다. 2019년에는 금융부문 전략 기능 강화를 위해 기획조정부 내에 재무관리국을 설치하고 사업전략부문 내 시너지추진부를 사업전략부로 개편했다. 2020년에는 자산운용전략부를 사업전략부로 통합해 기능을 효율화했다. 디지털전략부에 디지털혁신국을 설치해 농협금융 디지털전환(DT) 컨트롤타워 기능을 강화했다.
